在细菌截留测试结束后，应对全部滤出液进行测试分析，以确认除菌级过滤器的截留能力。
通常有两种方法进行回收和分析：
1.从安装在测试过滤器下游的合适的分析（回收）过滤器或膜片上直接通过；
2.先收集滤出液在无菌容器中然后再用分析膜片过滤。一般会使用0.45 μm或除菌级膜片来收集缺陷短波单胞菌或其他微生物污染挑战细菌。安装分析过滤器不应影响测试过滤器的预定压差。对滤出液部分取样的作法不足以验证除菌过滤，因为一小部分细菌可能已经穿过过滤器，存在于未取样和分析的滤出液中。
在阳性对照有效的情况下，3支测试过滤器都没有检测到挑战细菌的透过，则达到除菌级过滤器的接受标准。
如果有1支被发现细菌穿过，但没有确认是什么原因引起的，那么在调查和风险评估后，可重新测试（例如，从失败膜所属批次中选3支过滤器）。如果可以找到导致测试失败的确定原因，那么疑问批次的过滤器应被重新检测。